Seri Discipline diangkat kembali dengan cerita original baru ini sebelum kedatangan Hayami Takuro, protagonis di seri pertama. Ini merupakan cerita awal mula. Morimoto Leona dan Otokawa Saori baru saja tiba sebagai murid baru di Sekolah St. Alcadia. Morimoto Leona ingin menundukkan setiap orang di dalam sekolah, dengan berat menghukum mereka yang tidak berguna baginya. Bahkan para guru pun tidak menghindarinya. Sesama asrama Yuuki, Ruri, dan Maiko, yang tidak menyadari situasinya, menjadi mangsa hasrat seksual para murid laki-laki yang tak terbatas.